Nachdem bereits eine Definition von F&E geliefert wurde und auch der konkrete Ablauf skizziert wurde, soll nun auf einige Probleme eingegangen werden, die in Verbindung mit F&E auftreten können. Dabei werden auch einige Beispiele angeführt, die die Materie besser verständlich machen sollen. Welche Probleme und Hindernisse können also bei Tätigkeiten im Bereich F&E auftreten?
1. Das Problem des Technologietransfers
Das grundlegende Problem der Forschung und Entwicklung ist das der Übertragbarkeit. So geht es hier um die Frage, wie die zu Tage geförderten Erkenntnisse in die eigene Produktion oder in die eines anderen Unternehmens integriert werden können. Ist dieser Transfer nicht möglich, verliert die Forschungsarbeit nahezu ihren Wert, da sie in der betrieblichen Praxis nicht anwendbar ist.
2. Schwierigkeiten bei der Beurteilung der Effizienz von F&E
Ein weiteres, gewichtiges Problem im Bereich der F&E stellt eine angemessene Beurteilung der Effizienz der durchgeführten Maßnahmen dar. Diese 
sind dabei vor allem das Ergebnis der Besonderheiten, die sich aus der vollzogenen Leistungserstellung ergeben.
So sind dies die Einmaligkeit, mit der ein gewünschtes Produkt erstellt werden soll; die mehrfachen Unsicherheiten, die in Bezug auf Erfolg und Kosten, die auf dem Weg dorthin anfallen können; sowie letztlich die Tatsache, dass die persönlichen Kompetenzen der in F&E tätigen Mitarbeiter- hierzu zählen Intellekt, Kreativität und fachliche Kenntnisse – die Prozesse stark prägen. Diese Prozesse selbst sind dabei weniger repetitiv als Standardaufgaben.
Alle diese Probleme lassen sich bei nahezu allen Vorhaben im Bereich der F&E in stärkerem oder schwächerem Maße wiederfinden. Sie führen dazu, dass einer erfolgreich Tätigkeit eines Unternehmens im Bereich der F&E hohe Hürden gesetzt sind. Ist sich ein Unternehmen der hier angesprochenen Probleme aber im Vorfeld bewusst, so können viele Strömungen erfolgreich umschifft werden.
